日本の水族館を設置者別に見ると、国の設置する「国立水族館」、地方自治体による「公立水族館」、民間資本による「私立水族館」、地方公共団体と民間が出資した会社による「第三セクター」などに大別できます。日本の水族館は欧米に比べて私立が多いのが特徴です（全体のおよそ４割）。
公立の場合は、地方公共団体が直接運営するのではなく、外部に委託するケースが少なくありません。以前は、委託先は自治体の出資法人などに制限され、受託する側の権限や責任が限られていましたが、2003年に地方自治法が改正され、公共施設の管理運営者をNPO法人や企業など、広く民間から公募できる「指定管理者制度」が作られたことで状況は変わりつつあります。NPO法人や民間企業は、ミュージアムショップ・レストラン・遊具施設といった付帯事業による入場料以外の収入の確保や、収支計画の設定が柔軟にできます。現在では同制度を活用して民間に運営を委託するケースが出ています（指定管理者制度については「公立ミュージアムの最新動向を知る！」を参照）。
