築地市場は開設から80年近くたち、さまざまな課題を抱えています。施設は扇形に配置されていますが、これは鉄道や海路での入荷を前提としたもので、トラック輸送が中心の現在では搬入スペースが足りず、場内で大渋滞が起きて作業効率が悪化しています。「ターレ」と呼ばれる運搬車が縦横無尽に行き交う場内は手狭で、歩行者との接触事故が頻繁に起きています。料理店などが買い出しに来る仲卸売場は日差しを遮る屋根があるだけで、気温の上昇や風雨の影響を受けやすく、荷さばき場が不足しているため商品を屋外に置かざるを得ない状況です。温度管理が十分とは言えず、品質・鮮度保持に不安が残ります。
卸売市場を取り巻く環境も急速に変化しています。かつては個人経営の鮮魚店や料理店が市場から仕入れていましたが、大量に調達する大手資本のスーパーや外食チェーンは産地直送や輸入など市場外での直接取引を積極的に進めています。調理に手間がかからない、切り身に加工した魚の需要も高まっており、そのニーズに対応できない市場を通さない「中抜き」も進んでいます。水産物の卸売市場経由率は現在6割を切り、13年の築地市場の取扱数量も10年前から2割減っており、このままでは首都圏の卸売市場の要としての役割を果たせなくなると指摘する声が上がっています。